二十世紀(jì)初的日本太正時代，自明治維新以來的文明開化已進(jìn)行了五十余年。
　　隨著西洋文化和日本傳統(tǒng)文化的交匯融合，帝都·東京逐漸成為現(xiàn)代化建筑鱗次櫛比，蒸汽鐵道、地下鐵道縱橫交錯，馬車、人力車、蒸汽車川流不息的繁華都市。然而，這也是一座有著怪物和咒術(shù)等非現(xiàn)實(shí)存在的魔幻都市。
　　為了對抗從地底出現(xiàn)的強(qiáng)大魔物“降魔”，陸軍成立了由將校中的靈能者組成的特殊部隊(duì)——對降魔部隊(duì)，成員即“二刀二劍”的4位繼承者：米田一基，持有 “神刀·滅卻”；山崎真之介，持有“光刀·無形”；藤枝菖蒲，持有“神劍·白羽鳥”；真宮寺一馬，持有“靈劍·荒鷹”。四人僅憑自己的血肉之軀和手中的神劍與魔物作戰(zhàn)，史稱“降魔戰(zhàn)爭”。激戰(zhàn)的結(jié)果，陷入絕境的對降魔部隊(duì)被迫使出最后的手段——利用“魔神器”發(fā)動“破邪之血”。魔神器即日本上古時代流傳下來的三種祭器：劍、珠、玉，可以成為魔力的增幅器。繼承真宮寺家“破邪之血”的一馬，以自己的生命為代價用魔神器將降魔們封印，而山崎真之介也在此戰(zhàn)中失蹤……
　　太正十一年，以妖僧天海為首的邪惡組織“黑之巢會”蠢蠢欲動。仇視近代文明的天海為了復(fù)辟德川幕府的統(tǒng)治，率領(lǐng)手下的死天王葵叉丹、彌勒、修羅、羅剎，操縱著利用古代咒法生出的魔物——魔操機(jī)兵在帝都展開了破壞活動。為了對抗這新的威脅、守護(hù)帝都和民眾，在花小路伯爵的大力支持下，新的政府直屬對降魔組織——帝國華擊團(tuán)（簡稱“帝擊”）·花組成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的領(lǐng)導(dǎo)下，花組集結(jié)了6名具備高靈力的少女：真宮寺一馬的女兒、靈劍·荒鷹的繼承者真宮寺櫻；神崎財閥總帥忠義的孫女、精通神崎風(fēng)塵流長刀術(shù)的神崎堇；俄國革命的勇士、曾有“食火鳥”之稱的瑪麗亞·橘；自幼就因超常的靈力被與世隔絕、年僅10歲的法國貴族千金愛麗絲；在辛亥革命的戰(zhàn)亂中失去親人、精通機(jī)械的中國少女李紅蘭；以及桐島流空手的正統(tǒng)傳人、身高近 2米的桐島神奈。同時，基于山崎真之介留下的設(shè)計，由神崎重工完成了對降魔用靈子甲胄“光武”。以銀座大帝國劇場為基地、平日以歌劇團(tuán)面目出現(xiàn)來掩人耳目的花組，在魔物出現(xiàn)時就會變?yōu)槭刈o(hù)帝都的戰(zhàn)士，駕駛光武與敵人作戰(zhàn)。
　　太正十二年春，苦于戰(zhàn)力及協(xié)作性不足的花組來了一位新隊(duì)長——海軍少尉大神一郎，《櫻花大戰(zhàn)》的故事也就從這里開始了……