立山國際高中的白羽由希奈，在三人面談后追趕暴風雨般離開的母親·洋海為了送還遺忘的智能手機，朋友荻布美夏也一起到母親的工作場所黑部研究所去。在大廳里順利的把智能手機交給了母親，相識的研究人員、荒俁稔等人說著的話的時候突然火球飛來了，產生的沖擊波將研究所的窗戶玻璃震碎了。在警報鳴響的研究所地基內，身份不明的侵略者同警備員們展開戰(zhàn)斗，打算到地下避難的由希奈的目光停留在了實驗室里方塊發(fā)出的奇怪的光上。
立山黑部峽谷在修筑大壩時發(fā)現(xiàn)神秘的遺跡。為研究“Artifact”設立了國際聯(lián)合黑部研究所。世界各國的首腦聚集在研究所員的孩子就讀的立山國際高中。研究所長的女兒、白羽由希奈也在這里上學。那是2016年的夏天、一名武士再一次蘇醒。
