在已被徹底探索殆盡的世界里，名為“深淵”的大洞是碩果僅存的秘境。
這個(gè)深不見底、不知會(huì)延伸到何處的巨大垂直洞穴中，不僅棲息著各種稀奇古怪的生物，還沉睡著現(xiàn)今人類所做不出來的珍貴遺物。
“深淵”那處處充滿不可思議的神秘樣貌，吸引人們前仆后繼地前去冒險(xiǎn)。漸漸地，大家開始將那些多次挑戰(zhàn)大洞的冒險(xiǎn)者們稱為“探窟家”。
孤兒莉可住在興建于深淵四周的城鎮(zhèn)“奧斯”，她夢想著將來要成為像她母親一樣偉大的探窟家，并一解深淵之謎。
某天，她母親萊薩的白笛被人發(fā)現(xiàn)，讓莉可因此下定決心要潛入深淵的深處。她撿到的失憶機(jī)器人雷格，也為了尋找自己的記憶而決定與她同行。
莉可在深界四層被穿珠的毒給侵蝕折磨，拯救她的是名叫娜娜奇的慘劇終末。娜娜奇加入之后，三個(gè)人便繼續(xù)前往彭多爾多所在的深界五層冒險(xiǎn)。在那里，他們遇見了一個(gè)自稱普魯修卡的女孩。由彭多爾多撫養(yǎng)長大的她對外界一無所知。普魯修卡深深著迷于莉可的冒險(xiǎn)故事，并希望能和莉可一起冒險(xiǎn)，然而她卻慘遭彭多爾多利用來做實(shí)驗(yàn)。
不過后來普魯修卡改變形體，變成莉可的白笛，與她一同朝深界六層“不歸之都”前進(jìn)。在那里有座“慘劇終末的村子”，那是擁有自己一套價(jià)值觀的慘劇終末們所生活的地方。
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命運(yùn)石之門劇場版：負(fù)荷領(lǐng)域的既視感
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