繼續(xù)延續(xù)上一季的劇情，原來穆德受了騙，及時發(fā)覺錯誤后和史考莉串通好來騙政府高層，以潛入一個“作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方”搜集需要的資料。本季發(fā)展越來越精彩，一些沒有被完全改造的混血外星人聯(lián)合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時子宮被移除，但今年卻出現(xiàn)了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆，客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映，加入了一些角色及內容，“辛迪加”組織的陰謀越來越明顯，穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現(xiàn)也對穆德與史考莉間的關系做出重大考驗。該季結束于吸煙人燒毀了所有X檔案卷宗。
阿莉西婭·戴柏南·凱里 西格妮·韋弗 弗蘭基·亞當斯 利亞·珀賽爾 阿什·凱迪 杰克·拉托瑞 塞巴斯蒂安·蘇里塔 莎里娜·克蘭頓 Jeremy Blewitt Michael Gillan Luc Barrett 蒂爾達·格哈姆-哈維 查利·維克斯 艾莉拉·布朗 亞歷山大·英格蘭 德博拉·肯尼迪 亞當·杜恩 Bree Desborough 維多利亞·哈拉拉比多
雪莉·亨德森 喬爾·弗萊 多米妮克·摩爾 伊登·高夫 Nick Kellington Barry McCarthy Micah Balfour Cicely Giddings Levi Howden Jeremiah Krage Kassidi Roberts Lucas Tran
巴勃羅·莫利內羅 帕特里夏·洛佩斯·阿奈斯 路易斯·卡葉赫 赫蘇斯·卡羅薩 埃斯特法尼婭·德·洛斯桑托斯 塞爾希奧·卡斯特利亞諾斯 塞西莉亞·戈麥斯 瑪麗娜·馬修斯
比安卡·卡里什 德雷克·羅杰 詹森·阿克斯 德米特里亞·麥金尼 妮達·庫希德 梅格·唐納利 布里吉特·瑞根 維多利亞·哈里斯 比利·斯洛特 維羅尼卡·貝里 湯姆·威靈 Lacey Dover Alexis Horrigan Jojo Fleites Michael Tacconi Sterlin English