幽冥女王之兄阿達武士（Rito）加入侵略地球的隊伍，並壓倒性的擊敗金剛戰(zhàn)士，摧毀了大連王與戰(zhàn)鬥白虎，指揮中心亦在戰(zhàn)鬥中損毀，金剛戰(zhàn)士就此失去超異能。宙威利用中心所餘的能量，將失去超異能的戰(zhàn)士們送去忍者神廟，要他們去見可製造超異能硬幣的忍者戰(zhàn)士（Ninjor）。儘管途中有阿達武士派遣的食人鳥追擊，但戰(zhàn)士們依舊成功抵達神廟獲得新的超異能，並多了忍者裝扮的變身型態(tài)，以及忍者機械獸（Ninja Zords）。後來巴布猴、怪頭陀與魚匠人等尋獲失落已久的無敵戰(zhàn)將（Shogun Zords），玄冥大帝等人遂奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰(zhàn)鬥鷹，企圖要脅金剛戰(zhàn)士替自己駕駛無敵戰(zhàn)將征服地球。大明只得潛入暗月宮內，於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰(zhàn)鬥鷹，而比利亦在操縱無敵戰(zhàn)將時將控制權奪來，令玄冥大帝的企圖失敗，也讓金剛戰(zhàn)士多了五架新的生力軍。
小晴為了追求理想，決定離開參加體操大賽訓練，原先遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰(zhàn)士的凱特（Katherine），在破除魔咒後取代她成為新的粉紅戰(zhàn)士。但過沒多久，幽冥女王的父親終極魔王發(fā)動魔法將時間倒轉，令金剛戰(zhàn)士全回到童年時期，因此失去了超異能。為了抵禦侵略，宙威自水柔星請來了外星戰(zhàn)士，第三季就此進入特別篇。至於變回兒童的各戰(zhàn)士，除了比利透過機器很快恢復之外，其餘人則到各地尋找奇奧水晶的碎片，希望將之收集後發(fā)動魔力令地球恢復原狀。而伊莎到非洲尋找水晶時，意外與遠親相逢，從此留在當?shù)?，由表姊唐娜帶著水晶回到美國。但當水晶湊齊讓地球復原後，天狼將軍（Goldar）與阿達卻闖入指揮中心竊走水晶並炸毀該處，金剛戰(zhàn)士的歷史劃下句點，《異星戰(zhàn)士》開始。
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