21世紀(jì)初，人類將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計(jì)劃失敗，人類只得再度返回地球。而長(zhǎng)距離亞空間航行所引發(fā)的時(shí)空歪曲，導(dǎo)致人類回到的地方變成了“兩萬(wàn)年后的地球”。在這個(gè)地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時(shí)，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實(shí)行謀劃了20年的“對(duì)哥斯拉戰(zhàn)術(shù)”，通過殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅并未持續(xù)多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬(wàn)年間持續(xù)成長(zhǎng)生存、身高300米、質(zhì)量超過10萬(wàn)噸，在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們?cè)谶@個(gè)地球首次遇到的人型生命種族。他們會(huì)是人類的子孫嗎——。“弗圖亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗?fàn)幷?，全部被火焰吞噬而消失了”面?duì)這樣的他們，晴男回應(yīng)道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機(jī)會(huì)了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀(jì)他們?cè)诟皇可铰醋鳛椤皩?duì)哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開發(fā)、在啟動(dòng)前遭到破壞的“機(jī)械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構(gòu)成。這正是當(dāng)時(shí)的開發(fā)設(shè)備至今仍然殘存的證明——。