在1999年，一艘外星宇宙戰(zhàn)艦墜落到了地球，人們用了了十年的時間修復并取名為"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在舉辦一場偶像歌星林明美（飯島真理 配音）的演唱會，突然空襲警報響起，要塞開始了變形。戰(zhàn)斗中，一條輝（長谷有洋 配音）駕駛著變形戰(zhàn)斗救下一名少女，戰(zhàn)機卻由于速度過快撞進外層艙室。安定后，輝發(fā)現(xiàn)救得是林明美。倆人相識后，為使明美高興，輝偷開教練機帶著明美去兜風。敵人趁機出現(xiàn)，好在朋友這時挺身相救，經(jīng)過一場混戰(zhàn)，輝和早瀨未沙（土井美加 配音）醒過來，發(fā)現(xiàn)在一個荒蕪的星球上。他們了解到，五十萬年前，一個叫"普羅多"的古代文明發(fā)展到頂盛時，已經(jīng)可以借遺傳密碼無性繁殖后代，于是國家分裂為由男性組成的"杰特拉帝"和由女性組成的"赫而特蘭帝"開始了長達數(shù)萬年的戰(zhàn)爭。在戰(zhàn)爭中文明急劇衰退了，曾經(jīng)偉大的文化被遺忘殆盡，退化成了只會戰(zhàn)斗的種族，為了維護和平，他們將會采取怎樣的行動……
《超時空要塞》是1982至83年間播出的一部電視動畫，本片在其基礎上精簡改編而成。
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