“TOKYO MER”正式認(rèn)可半年。為了在全國政令指定城市開展MER，代替離開隊(duì)伍的音羽（賀來賢人）的第二醫(yī)生問題讓喜多見（鈴木亮平）頭痛不已。在隊(duì)伍內(nèi)希望比奈（中條綾美）升格的聲音也提高，不過，音羽斷言比奈應(yīng)該向循環(huán)器外科的道前進(jìn)。比奈也感到壓力，煩惱著能不能代替音羽。這時(shí)，青戶（伊藤淳史）作為支援醫(yī)生來到MER。青戶和音羽一樣是厚生勞動(dòng)省的醫(yī)科技術(shù)官，表面上是作為第二醫(yī)生候補(bǔ)的派遣，但那里有厚生勞動(dòng)省方面的想法。
　　就在這時(shí)，隅田川發(fā)生了大型水上巴士和屋形船的碰撞事故。載著很多傷員，失去控制的屋形船暴走了。雖然是趕往現(xiàn)場(chǎng)的MER的成員們，但是因?yàn)椴荒芙酉?，所以不能進(jìn)入。并且由于船底內(nèi)部的燃料泄漏，裝載了很多的患者爆炸的可能性被發(fā)現(xiàn)！喜多見等人為了救助被遺棄的人們，進(jìn)行了意料之外的作戰(zhàn)。那正是決死的挑戰(zhàn)。