男主角海神航，是一個(gè)麻木不仁、只為學(xué)業(yè)奮斗的少年。故事一開始在煩囂的東京，正是考試放榜的日子，航和他的同窗兼朋友燦緒去看成績(jī)，一心想著勝利是理所當(dāng)然的他，卻發(fā)現(xiàn)榜上沒(méi)有他的編號(hào)！
原來(lái)是因?yàn)檫x錯(cuò)多項(xiàng)選擇的答案了。于是學(xué)校考不上，而一直照顧航的管家，亦要離他而去！正當(dāng)事情達(dá)到這樣糟糕的時(shí)候，突然兩神秘人出現(xiàn)，說(shuō)恭喜航受推薦入讀一間神秘學(xué)校，而該學(xué)校竟在一個(gè)神秘的島上－－Promised Island...... 航本來(lái)萬(wàn)分不愿意，但因毫無(wú)選擇，只好出發(fā)，到了島上，發(fā)現(xiàn)處處透著古怪，除了不斷看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身邊出現(xiàn)外，最駭人聽聞的是，十二位美麗可愛(ài)的女孩，先后出現(xiàn)，還自認(rèn)是航的妹妹！就是這樣，航就在這島上，和十二個(gè)不同性格的“妹妹”住在一起，揭開他人生中最華麗的一頁(yè)......
同時(shí)，另一位叫真深的女孩，冒認(rèn)是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航給妹妹們一起居住，借以監(jiān)察航的一舉一動(dòng)，她更時(shí)常和一神秘人作電郵通信，他們的目的是讓小航回到毫無(wú)希望的東京。