某夜，中國(guó)警方一舉破獲了由香港黑社會(huì)和大陸犯罪分子內(nèi)外勾結(jié)的走私交易。這次行動(dòng)由“雷霆行動(dòng)組”直接指揮，生擒香港黑社會(huì)四龍幫老大陳雄，故意放走了四龍幫原老大龍山，引起了四龍幫與龍山派系的內(nèi)訌。龍山迫于各種壓力，投誠(chéng)大陸警方，要求警方保護(hù)他和女兒的生命安全?；麨轫n衛(wèi)東、何良和“雷霆行動(dòng)組”成員和化名為尤婷香港女警官分別從三個(gè)不同的角度潛伏介入香港“黑仔聯(lián)盟”，由此揭開了“雷霆行動(dòng)”的序幕。 由劉志豪指揮的“雷霆行動(dòng)”，意在破獲香港黑社會(huì)中組織嚴(yán)密，類似恐怖組織的黑仔聯(lián)盟，陳雄和龍山均系黑仔聯(lián)盟的骨干。陳雄頑固不化，把交待視作交易。因其罪行特別嚴(yán)重，被地方法院處以極刑。龍山雖是投誠(chéng)，但也只是用一些黑仔聯(lián)盟的毛皮搪塞警方。劉志豪欲擒故縱，引蛇出洞，放龍山回香港。
　　龍山回到香港，黑仔聯(lián)盟和四龍幫嘩然。黑仔聯(lián)盟的神秘首領(lǐng)侯爺，一方面縱容挑唆陳雄的弟弟，四龍幫新老大陳彪和龍山火拼仇殺；一方面秘密派人對(duì)韓衛(wèi)東和龍婷秘密調(diào)查，同時(shí)對(duì)陳彪的拜把子兄弟，死在旺角海灣的何三拐的弟兄何良暗查明訪。一時(shí)間冷艷性感的女郎葉云反手為云，覆手為雨，忙得不亦樂乎。葉云明是陳彪的情人，暗是侯爺?shù)聂~鷹，叱咤黑幕風(fēng)云。
　　龍山擺脫警方的監(jiān)視，私下到紅吧與美國(guó)康壽公司的道瑞會(huì)晤，不期撞上陳彪。陳彪正欲找龍山算帳，報(bào)陳雄在大陸被殺之仇（實(shí)際上陳彪篡奪其哥而出賣陳雄），不料龍山并沒擺脫女警官龍婷的監(jiān)視，尤婷的出現(xiàn)打亂了龍山和陳彪的計(jì)劃。龍山從紅吧后門逃走，尤婷寡不敵眾，落入陳彪魔掌。
　　劉志豪和香港國(guó)了示刑警督察屠法中為營(yíng)救尤婷，派韓衛(wèi)東前去綁架葉云，以此人質(zhì)互換，警方也因此牽出紅吧和葉云兩條線。警方洞悉龍山的狡詐之時(shí)，正值龍山的弟弟魏甫在家族內(nèi)政變，不料魏甫反而死于魏亦鳳之手，警方逮捕了龍山。
　　龍山的逮捕引發(fā)了黑仔聯(lián)盟一系列行動(dòng)，告訴了警方龍山在黑仔聯(lián)盟中的作用，韓衛(wèi)東和尤婷幾經(jīng)滲透，按行動(dòng)組計(jì)劃，韓衛(wèi)東離開魏亦鳳跟隨葉云，尤婷仍留在魏亦鳳身邊。陳彪為了搶奪龍山的地盤和魏亦鳳鬧得不可開交，而此時(shí)侯爺致力于的大“CASE”正在悄悄進(jìn)行。
　　時(shí)值美國(guó)康壽公司道瑞因謀殺入獄。劉志豪和吳濤濤赴美國(guó)，在美國(guó)舊金山FBI的支持下密訪并制服了舊金山華人黑社會(huì)的老大弗來(lái)西斯·陳，弗來(lái)西斯·陳出于無(wú)奈，同意協(xié)助大陸警方，于是劉志豪以美國(guó)通達(dá)國(guó)際貿(mào)易總公司的總經(jīng)理身份來(lái)到了香港。迎接他的是魏亦鳳，侯爺為了獨(dú)攬此筆生意，在機(jī)場(chǎng)綁架劉志豪，用汽車炸彈炸死了前來(lái)開車的尤婷。
　　警方摸清了黑仔聯(lián)盟的基本內(nèi)幕，卻發(fā)生了兩個(gè)潛伏者的對(duì)持。劉志豪機(jī)智擺脫了侯爺?shù)谋O(jiān)視，冒險(xiǎn)約見兩名潛伏者，當(dāng)兩名潛伏者相遇對(duì)上暗號(hào)彼此大驚，原來(lái)是在臥底時(shí)結(jié)下宿怨的韓衛(wèi)東和何良。
　　緬甸警方發(fā)現(xiàn)大批自殺身死的“新圣教社”的信徒，這些死者內(nèi)臟全被掏空，正源源不斷送往南海某漁產(chǎn)碼頭的冷藏庫(kù)。劉志豪與侯爺達(dá)成協(xié)議，警方布下天羅地網(wǎng)，殊不知還有一條暗線在活動(dòng)……