柯南、灰原及少年偵探隊成員步美、光彥、元太隨博士這日露營完畢，繞道參觀西多摩市新建于富士山前的日本第一雙塔摩天大樓，毛利小五郎恰也應雙塔所有者、他的學妹常盤美緒之邀，攜小蘭、園子參加開幕典禮。美緒介紹下，他們認識以畫富士山聞名的畫師如月峰水、市議員大木巖松、雙塔的設(shè)計者風間英彥（森谷帝二的弟子，第一彈《引爆摩天樓》中，森谷曾向新一挑戰(zhàn)）、天才程序員原。期間灰原的舉動異常。
大木提前入住B塔被害，目暮警官著手調(diào)查發(fā)現(xiàn)他與美緒似有不同尋常關(guān)系，不久原亦被殺害于家中。因為現(xiàn)場都留有與日本畫畫師作畫時所用的乳缽相似的小酒杯碎片，兩起案件似系一人所為?？履嫌尚【票?lián)想到灰原曾效力的、以酒名為綽號的黑暗組織，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血跡。與此同時他找到灰原舉動異常的原因，卻發(fā)現(xiàn)她正被人追蹤。而園子玩笑弄的發(fā)式令她像極了雪莉（灰原）。
開幕酒會上，美緒向賓客展示如月最為寶貴的富士山畫作時被殺，死相正如橫亙在富士山正中的雙塔的縮影圖，她的身下也有一個小酒杯，不過卻是完好的。地上一顆原本該呆在美緒脖子上的珍珠令柯南將目光轉(zhuǎn)向如月。緊接，A樓美緒公司電腦檔案所在的樓層及地下配電室發(fā)生爆炸。逃亡時刻，柯南注意到正有一支槍瞄準園子，心中給出了所有疑問的答案，但他及小蘭等人最迫切需要解決的卻是如何從火海逃脫。
新田日和 八木侑紀 高橋未奈美 石原夏織 小倉唯 飯?zhí)锢锼?nbsp;鈴木愛奈 德井青空 加藤英美里 五十嵐裕美 潘惠美 諏訪彩花 三森鈴子 松田利冴 沼倉愛美
大久?，娒?nbsp;下野纮 中村悠一 中原麻衣 增田俊樹 中島卓也 井上雄貴 大塚剛央 山谷祥生 手冢弘道 堤雪菜 小坂井祐莉繪 田丸篤志 富田美憂 二之宮愛子 大野智敬 鐮倉有那 高坂篤志 游佐浩二 藤原啟治
石田彰 豐口惠美 鳥海浩輔 田中理惠 綠川光 能登麻美子 田之中勇 澤城美雪 中井和哉 堀秀行 野島健兒 種崎敦美 三浦祥朗 小松由佳 市道真央 小巖井小鳥 Lynn 石谷春貴 大久?，娒?nbsp;三宅麻理惠 櫻川惠 高橋伸也
岡咲美保 古川慎 千本木彩花 市道真央 江口拓也 大塚芳忠 柳田淳一 山本兼平 泊明日菜 小林親弘 山口太郎 福島潤 大久?，娒?nbsp;田中理惠
梶裕貴 石川由依 井上麻里奈 三上枝織 下野纮 小林優(yōu) 谷山紀章 細谷佳正 樸璐美 神谷浩史 子安武人 花江夏樹 佐倉綾音 沼倉愛美 增田俊樹 村瀬步 松風雅也 小野賢章 榎木淳彌 渡邊明乃 齋賀光希 井上和彥 齊藤次郎 花輪英司