《零度戰(zhàn)姬》第二季（又名：零度戰(zhàn)姬振動）故事圍繞在和襲擊人類的異次元體NOVA的戰(zhàn)斗中失去了姐姐青井和葉的少年和哉。青井和葉是傳奇中的潘多拉（能與NOVA作戰(zhàn)的少女），和哉為了繼承姐姐的遺志，進(jìn)入了潘多拉的專門學(xué)?！附苣崽峥怂埂梗⒊蔀榱恕附菇佑|女王」莎堤萊薩·艾爾·布麗姬的制御者，從此他的生活便大大改變了。
在因襲擊人類的異次元體NOVA的戰(zhàn)斗中失去了姐姐青井和葉的少年和哉，編入了能夠與NOVA對剛的戰(zhàn)士以及其制御者的育成機(jī)關(guān)《杰尼提克斯》。
在那里，和哉與被人稱作《禁止接觸女王》所畏懼著的少女，莎緹萊薩·艾爾·布麗姬相遇了。
喜歡上了擁有姐姐背影的莎緹萊薩的和哉，在不停被拒絕的情況下仍舊與她共赴戰(zhàn)場，慢慢的縮短了距離。
在這時，由于《杰尼提克斯》的上層機(jī)關(guān)《修吧里誒》的命令，和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里，正進(jìn)行著對抗NOVA的新對策，人工創(chuàng)造出潘多拉的《E潘多拉計劃》。