這是五十年后的未來，世界被“神”吞噬殆盡而荒蕪的架空故事。 由于遭到突如其來的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。在人類文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而無效化下，生化科技企業(yè)“芬里爾”成功利用荒神細(xì)胞開發(fā)出了名為“神機(jī)”的生物兵器。并同時(shí)組織了特殊部隊(duì)“GOD EATER”。自此，人類終于獲得了與荒神對(duì)抗的力量。
　　于是，追求知性之極致的荒神，與追求物種延續(xù)的人類之間的戰(zhàn)爭(zhēng)便此展開。在破滅的盡頭，究竟是神會(huì)先成為人，還是人會(huì)先成為神呢？競(jìng)爭(zhēng)開始了。GOD EATER的任務(wù)是把靠近地下居住區(qū)的荒神擊退，并且把荒神的核心和素材帶回。在這樣的背景下，玩家將會(huì)扮演一名神機(jī)使，開始了與死亡擦身而過的每一天。