將施奈德回老家之后，四只原本親如兄弟的神龜由于沒(méi)有了敵人，于是不再想以往一樣一起戰(zhàn)斗，而是各自在喜歡的領(lǐng)域內(nèi)鉆研，以往一起行動(dòng)的忍者神龜們變成了四個(gè)獨(dú)來(lái)獨(dú)往的“獨(dú)行俠”！
這時(shí)，紐約市中發(fā)生一連竄的怪事。原來(lái)實(shí)業(yè)家馬克西米林安?J?威特斯意圖征服紐約市，秘密培養(yǎng)了一支遠(yuǎn)古怪獸組成的軍隊(duì)，加上惡名昭彰的忍者組織Foot Clan，各種黑暗勢(shì)力又在城市的角落里蠢蠢欲動(dòng)！
神龜們又處于備戰(zhàn)狀態(tài)了！他們?cè)俅温?lián)合起來(lái)，準(zhǔn)備向黑暗勢(shì)力出擊！
凱瑟琳·赫本 金杰·羅杰斯 阿道夫·門(mén)吉?dú)W 吉爾·帕特里克 康絲坦斯·柯莉兒 安德烈·利茲 薩繆爾·S·辛茲 露西爾·鮑爾 富蘭克林·潘伯恩 威廉·科森 皮埃爾·沃特金斯 格雷迪·薩頓 弗蘭克·雷歇爾 杰克·卡森 菲莉斯·肯尼迪 伊芙·阿登 安·米勒 瑪格麗特·厄利 讓·胡維羅爾 伊麗莎白·鄧恩 諾瑪·德魯里·波列拉夫斯基 貝蒂·簡(jiǎn)·羅茲