4月2日，全新的游戲王動畫始動！講述18歲新主角集齊6（原五張）龍卡的全新故事！　 　　武藤游戲的時代數(shù)十年后的童實野町，演變成了階級社會的未來都市——新童實野市。主人公不動游星駕駛著決斗盤的進化型D輪摩托以從下層區(qū)到上層區(qū)為目標奔馳。　 　　以奪走對自己和朋友很重要的卡星塵龍的為所欲為的競敵·騎乘決斗的冠軍人物杰克·阿特拉斯所在的決斗競技場為目標，終于游星和杰克對峙了。懷著各自的堅定信念的他倆的王牌怪獸——星塵龍與真紅魔龍展開激烈沖突！在二龍之戰(zhàn)中忽然出現(xiàn)的神秘紅龍，讓游星的手臂浮現(xiàn)出了龍之印。由龍之印所引導的各自的命運在這一刻開始了。到底為朋友而戰(zhàn)的游星前面等待著他的會是什么？龍之印所帶來的到底又是什么呢？ 　　時代是游戲王GX后的幾十年。 　　決斗盤進化！騎乘決斗大為流行！ 　　在5D'S的時代，結(jié)合了摩托競速與卡片游戲的競技騎乘決斗，以騎乘型最新決斗盤D輪進行的高速感決斗十分流行，讓觀眾也跟著狂熱起來！新怪獸陸續(xù)登場！新動畫當然也是充滿各種決斗場面！ 　　從沒見過的怪獸們正極度活躍之中。 　　游戲王5D’S的卡片也有所不同了： 　　新規(guī)則中白色同調(diào)怪獸卡追加！ 　　這次的新規(guī)則中添加了一種名為同調(diào)怪獸的白色卡片，能力：放在額外卡組，如果場上的對應協(xié)調(diào)怪獸和其他怪獸的等級合計與同步怪獸的等級吻合可以特殊召喚。
　　衛(wèi)星區(qū)篇
　　以武藤游戲所在時代數(shù)十年后的童實野市為舞臺。那時的童實野市被稱為“新童實野市”，是一個根據(jù)身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級社會，流行著使用被稱為“D輪（D Wheel）”的摩托車型決斗盤決斗的“騎乘決斗（Riding Duel）”。　不動游星在新童實野市的下層地帶“衛(wèi)星區(qū)（Satellite）”中與同伴們一起生活著。因被對手——騎乘決斗的KING“杰克·亞特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星塵龍（Stardust Dragon）”，為了把它奪回，游星逃出了衛(wèi)星區(qū)。
　　Duel of Fortune Cup篇
　　再會后的游星與杰克在Stadium進行了騎乘決斗。在白熱化的戰(zhàn)斗展開途中，兩人的手臂突然出現(xiàn)了印記，最后伴隨著雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍出現(xiàn)了。得知此事的治安維持局長官雷克斯，將游星的同伴捉走作為人質(zhì)，強迫他參加優(yōu)勝者可以獲得向KING杰克的挑戰(zhàn)權(quán)的“Duel of Fortune Cup”大賽。在這個大賽里被雷克斯吸引過來的游星、超能力決斗者十六夜亞紀、天才決斗少女龍可、還有杰克4人、都覺醒為“紅龍的龍印者”，最后獲得優(yōu)勝的游星在與杰克的決斗中獲得了勝利，成為了新的決斗王。
　　暗印者篇
　　原來Fortune Cup是歌得溫為了集合龍印者所舉辦。另一方面，一群名為“暗印者”的決斗者已經(jīng)蠢蠢欲動，他們能夠展開會令決斗者受到真實傷害的“黑暗決斗”，以及使用一種叫“黑暗同步”的新戰(zhàn)法，以及在背后控制他們的“地縛神”。游星以建造連接衛(wèi)星區(qū)和都市區(qū)的代達羅斯橋為條件，前往衛(wèi)星區(qū)阻止“暗印者”的計劃。
　　WRGP篇
　　與“暗印者”之戰(zhàn)半年后，連接衛(wèi)星區(qū)和都市區(qū)的橋梁終于完成，彼此的界線總算消失。全市還建造了大量專為騎乘決斗而設的高速公路，還開發(fā)了高速世界2取代以前的高速世界，世界大賽“WRGP”開幕在即，游星等人組成“5D'S隊“參賽。然而，新的威脅已經(jīng)悄悄地來臨——神秘組織“太一”的三皇帝出現(xiàn)，使用可以吸收同步怪獸的“機皇帝”欲圖毀滅童實野市，市區(qū)上空不時浮現(xiàn)不祥的黑影。雙方在大賽決戰(zhàn)相遇，這場戰(zhàn)斗的勝負將決定童實野市的存亡。
　　弧線搖籃篇
　　雖然阿波利亞被打敗，帶來毀滅的黑影正體”弧線搖籃“還是出現(xiàn)了，童實野市危在旦夕。而主使這一切的”Z-ONE（忘-我）“也終于浮出水面，來自被破滅未來的他要毀滅災禍的肇源童實野市改變未來。游星等人不能認同他的做法，登上”弧線搖籃“與”Z-ONE“展開最后的決戰(zhàn)。最終，Z-ONE被游星擊敗，弧線搖籃消失，游星拯救了童實野市，平安歸來。
　　后日談
　　Z-ONE被打敗數(shù)年后游星等人的故事。
　　副注
　　現(xiàn)在看到的故事劇情是在Z-ONE介入改變歷史后的情況。原本的歷史到暗印者就是最終BOSS，沒有WRGP存在。之后游星與同伴參加各種國際大賽，在不斷的磨煉中領(lǐng)悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成為將人類領(lǐng)向進化新時代的傳奇人物。但在未來人類因為過快進化濫用同步而惡欲膨漲，招來毀滅。Z-ONE為改變介入了過去改變了歷史，故事才有了現(xiàn)在的情況。