人類在“生命之河”南方富饒的土地上繁衍生息了萬年后，終于形成了統(tǒng)一的王國。又經歷四個王朝的更替，處在蒸汽文明頂端的人類王國已經異常強大：由于“高燃度煤晶石”的發(fā)明，生物腦、機械人、蒸汽槍械，蒸汽車輛甚至帶蒸汽輔助動力的重裝甲相繼出現。有限的領土已經無法滿足人類的欲望，資源的枯竭成為進一步發(fā)展的掣肘，北方廣闊的土地自然成為擴張的方向。
　　然而，北方的動物不知何時吃下了“智慧果實”，誕生智慧，自稱“靈”。冒險深入北地的人類探險隊在報告中曾經提到：“萬里地，十億靈”。在“靈”的眼中，連“智慧果實”為何物都不知道的人類根本算不上擁有“真正”的智慧，最多只能是“偽靈”。北方“靈”族很快以強大的實力壓制了人類的擴張，戰(zhàn)爭逐漸進入僵持狀態(tài)，持續(xù)不斷的沖突幾乎貫穿了雙方的歷史。
　　GD0113年，殘酷的“紅河之戰(zhàn)”正在將大陸拖入另一個千年戰(zhàn)爭。突然降臨的神秘勢力插入戰(zhàn)場，以令人絕望的強橫實力將雙方參戰(zhàn)部隊屠殺殆盡，“尸山血海”都不足以形容戰(zhàn)場上末日降臨般的恐怖。人類軍團不得不退到“嘆息之淵”南方，任何越線行動都會引來神秘勢力無情的屠殺。大陸從此進入詭異的和平時期。
　　GD0137年10月15日，位于人類王國東部沿海的小鎮(zhèn)“約克鎮(zhèn)”，出現大批居民死亡事件，尸體都長出黑色的花朵。少數幸存者遭到一個血液組成的怪物劫殺。少年尼爾和機器人G逃出約克鎮(zhèn)，前往附近的港口城市圣文迪斯求救。
　　16日，突然出現的大批難民被恐懼驅趕，涌入圣文迪斯避難，卻紛紛長出黑色花朵后暴斃。數個小時內，黑色花朵仿佛瘟疫在城內蔓延，死者不斷增加，所有逃生的途徑都被神秘力量封死。少年尼爾也被卷入恐怖的漩渦中，不得不面對這個世界的殘酷與真實……