由于父母離異，剛滿10歲的忠志（神木隆之介飾）只好跟母親來到鄉(xiāng)下跟外公一起生活。一次偶然，忠志參拜神社時被選為“麒麟送子”。當(dāng)?shù)赜袀€傳說，被選為麒麟送子的孩子可在大天狗山頂，拿到傳說中大天狗守護(hù)的飛劍。傳說那飛劍是用來維護(hù)和平的，伙伴們揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的寶劍。他在嘗試一半后，被嚇回來。
另一方面，千年魔人加藤保憲（豐川悅司飾）復(fù)活，他利用廢舊物品的怨氣，將其與抓來的妖怪們?nèi)拥酱笤轨`煉火中融合形成邪惡的怪物軍團(tuán)，并率領(lǐng)它們企圖毀滅人類。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通過了考驗。為了保衛(wèi)世界，忠志決定和妖怪們齊心合力，和大惡人決一死戰(zhàn)，妖怪大戰(zhàn)爭正式展開！
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