工藤新一（小栗旬）這晚收到挑戰(zhàn)書，稱將有他的同學(xué)在修學(xué)旅行的船上被綁架，若新一不能保護(hù)好同學(xué)，須讓出“高中生名偵探”的稱號。新一本對修學(xué)旅行沒興趣，這封信令他次日趕到學(xué)校與小蘭（黒川智花）、園子（巖佐真悠子）及班里另外約30名同學(xué)會合。
眾人剛登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北島慎吾（ふかわりょう）、導(dǎo)游西田麻衣（水川あさみ）、船長東邦夫（松重豐）及船員南田恭介（西村和彥）等人，時刻保持著警惕。但園子仍神不知鬼不覺失蹤。著手調(diào)查尚無頭緒，他再接綁架預(yù)告電話。
