2009年，當(dāng)麻紗綾（戶田惠梨香 飾）和瀨文焚流（加瀨亮 飾）相識的前一年。在美國FBI學(xué)成歸來的當(dāng)麻被分在警視廳公安部公安第五課未詳事件特別對策系，接受組長野野村光太郎的直接領(lǐng)導(dǎo)。此前不久，某大型石油企業(yè)高管接連被人殺害，死者的心臟無一例外都留下被人用手捏過的痕跡。顯而易見，這一系列事件和所謂的SPEC持有者有著極為密切的聯(lián)系。與此同時(shí)，石油企業(yè)高管Diablo（大杉漣 飾）高薪聘請神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 飾），企圖阻擋神秘的SPEC殺手。一十一，這個(gè)日后與當(dāng)麻和瀨文有著不解淵源的難纏敵手將當(dāng)麻視作殺害父母的爆彈女，之后更斬殺了當(dāng)麻在美國結(jié)識的好友Nancy。
　　SPEC宏大篇章自此拉開序幕，決定世界命運(yùn)的重大事件也進(jìn)入了倒計(jì)時(shí)……