《游戲王-怪獸之決斗》改編自漫畫《游戲王》，于2000-2004年之間在東京電視臺(tái)播出。故事以漫畫劇情為主，但因?yàn)橹型韭嫻适虑楣?jié)進(jìn)度跟不上，故加插大量漫畫沒有的劇情和人物。此舉為脫離“原作”獨(dú)立創(chuàng)作故事奠定下基礎(chǔ)。
　　決斗者王國篇
　　一卷神秘的錄像帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中使用黑暗決斗向武藤游戲挑戰(zhàn)，但武藤游戲卻因?yàn)闀r(shí)間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中（漫畫版為貝卡斯寄給游戲的錄像帶），武藤游戲?yàn)榱司然仂`魂被囚禁的爺爺，與伙伴們前往決斗者王國找貝卡斯決斗，與互信的伙伴們以及心中的另一個(gè)自己并肩作戰(zhàn)。
　　戰(zhàn)斗城市前篇
　　決斗者王國一戰(zhàn)結(jié)束，武藤游戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石板來到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰(zhàn)斗、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶，海馬瀨人在一個(gè)機(jī)緣下得到了神之卡的其中一張：歐貝利斯克的巨神兵，而他為了得到剩余的二張神之卡，在童實(shí)野市舉辦了戰(zhàn)斗城市大賽，并且以賭牌當(dāng)作規(guī)則，同時(shí)新的次世代決斗盤也跟著亮相，而武藤游戲?yàn)榱藢ふ倚闹械牧硪粋€(gè)自己的記憶，也就是無名法老王的記憶，必須搜集三張神之卡，也參加了這場(chǎng)大賽，各路好手為了搜集六張拼圖卡，得到最后的參賽權(quán)，紛紛展開決斗；神秘的古魯斯集團(tuán)派出的蕾雅卡獵人也參雜其中。
　　乃亞篇（動(dòng)畫原創(chuàng)）
　　戰(zhàn)斗飛行船行駛?cè)斯u的途中，飛行船系統(tǒng)卻遭受到外來的入侵改寫了系統(tǒng)，因而改變了航線，阻擋在武藤游戲等人面前的這個(gè)巨大機(jī)動(dòng)要塞究竟是什么？而又出現(xiàn)了神秘的人，自稱是“五巨頭”，他們還要武藤游戲等人的身體，一場(chǎng)賭上各人性命的決斗，而他們又發(fā)現(xiàn)五大老的頭，叫乃亞的小孩，卻是剛?cè)桑êｑR的養(yǎng)父）的兒子??！一場(chǎng)大戰(zhàn)即將展開。
　　戰(zhàn)斗城市后篇
　　戰(zhàn)斗城市最終決戰(zhàn)開始，每個(gè)決斗者都各自有戰(zhàn)斗的理由，城之內(nèi)為了成為真正的決斗者、救出被馬利克進(jìn)行黑暗游戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵游戲決斗、為了鏟除可惡的古魯斯首腦并得到太陽神、為了完成海馬樂園的夢(mèng)想，游戲?yàn)榱藢?shí)現(xiàn)與城之內(nèi)的諾言、與海馬宿命的對(duì)決、救出被暗馬利克施予黑暗游戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，他向馬利克宣戰(zhàn)。
　　多瑪篇（動(dòng)畫原創(chuàng)）
　　戰(zhàn)斗城市結(jié)束后，武藤游戲遭受到了不知名力量的阻擋，而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走，這個(gè)神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奧利哈剛的結(jié)界”擁有的黑暗能量，又會(huì)帶給使用這張卡片的人什么樣的改變；黑魔導(dǎo)女孩從精靈的世界降臨，向武藤游戲請(qǐng)求援助，人類世界與精靈世界的命運(yùn)會(huì)如何，無名的傳說之龍又會(huì)怎么樣的幫助游戲等人。
　　海馬集團(tuán)大賽篇（動(dòng)畫原創(chuàng)）
　　多瑪事件結(jié)束后，武藤游戲和同伴因沒錢回不到日本，無奈之下請(qǐng)求海馬公司，卻陰差陽錯(cuò)的參加了海馬集團(tuán)為維護(hù)聲譽(yù)的比賽。全世界的決斗者聚集在這，一場(chǎng)別開生面的比賽就此展開。
　　王之記憶篇
　　為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實(shí)姓名與記憶，武藤游戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石板的背后，解開了無名法老王的過去記憶，暗貘良也趁此時(shí)蠢蠢欲動(dòng)，利用了千年智慧輪的黑暗力量，在千年積木內(nèi)進(jìn)行了一場(chǎng)黑暗RPG，這場(chǎng)黑暗RPG游戲中，直接以無名法老王的記憶當(dāng)作背景，暗游戲必須從這場(chǎng)黑暗游戲中找回自己的真實(shí)姓名、得知自己的過去，并且打敗大邪神佐克，再一次封印，否則大邪神佐克也會(huì)在現(xiàn)實(shí)世界中復(fù)活。
　　共有224集。