“夏亞的反叛”的第二次新吉翁戰(zhàn)爭12年后，宇宙世紀105年（U.C.0105），一個名為“馬夫蒂”的反地球聯邦組織開始以暗殺政府高官的方式對抗強權統(tǒng)治的地球聯邦政府。該組織領導人馬夫蒂·納比尤·艾林的真實身份，是曾與阿姆羅·雷并肩作戰(zhàn)的一年英雄布萊特·諾亞之子——哈薩維·諾亞。雖被展現奇異力量的少女琪琪·安達露西亞言語捉弄，但哈薩維仍為實現馬夫蒂的目標而步步推進。與此同時，追捕馬夫蒂的聯邦軍大佐凱奈斯·斯雷格收到了刑事警察機構漢德利·約克桑的密約提議。在哈薩維與肯尼斯各自為實現目標而行動時，琪琪亦為履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。