“闇之書事件”（參照魔法少女奈葉A's）的10年后。踏入19歳的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫、八神疾風三人，懷抱著彼此的友情牽絆、為了追求各自的夢想實現(xiàn)而加入時空管理局，并以一流魔導師的身分活躍。
在此當中，出現(xiàn)了新發(fā)現(xiàn)的太古遺產(chǎn)“圣遺晶石”（レリック），以及以此為目標而出現(xiàn)的謎樣機械兵器“共鳴拓發(fā)者”（ガジェットドローン）。為了迅速對應日后被稱為“圣遺晶石事件”的狀況，八神疾風考慮到設置能夠迅速對應的獨立部隊的必要性，設立了專責處理與太古遺產(chǎn)關(guān)連任務的特殊部隊——“機動六課”。
另一邊，時間回溯到四年前。昴·中島在遭到機場火災卷入而幾乎喪命之際，由于奈葉的出現(xiàn)而得救。因為憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈葉，昴在當晚的滿天星空之下，做出了“成為管理局的魔導師”的決定。
四年后，經(jīng)過一番波折而順利成為管理局的新進魔導師的昴，與訓練校時代的伙伴蒂雅娜·蘭斯特共同挑戰(zhàn)魔導師的升格試驗。于遠處凝視著兩人考試的，分別是認定兩人將成為“機動六課”的明日之星而投以注意的疾風與菲特、還有奈葉。在三人的注視之中，隨著宣告試驗開始的ReinForce II（統(tǒng)御之力zwei）的聲音，拉開了“StrikerS”故事的序幕。
新田日和 八木侑紀 高橋未奈美 石原夏織 小倉唯 飯?zhí)锢锼?nbsp;鈴木愛奈 德井青空 加藤英美里 五十嵐裕美 潘惠美 諏訪彩花 三森鈴子 松田利冴 沼倉愛美
大久保瑠美 下野纮 中村悠一 中原麻衣 增田俊樹 中島卓也 井上雄貴 大塚剛央 山谷祥生 手冢弘道 堤雪菜 小坂井祐莉繪 田丸篤志 富田美憂 二之宮愛子 大野智敬 鐮倉有那 高坂篤志 游佐浩二 藤原啟治
石田彰 豐口惠美 鳥海浩輔 田中理惠 綠川光 能登麻美子 田之中勇 澤城美雪 中井和哉 堀秀行 野島健兒 種崎敦美 三浦祥朗 小松由佳 市道真央 小巖井小鳥 Lynn 石谷春貴 大久?，娒?nbsp;三宅麻理惠 櫻川惠 高橋伸也
岡咲美保 古川慎 千本木彩花 市道真央 江口拓也 大塚芳忠 柳田淳一 山本兼平 泊明日菜 小林親弘 山口太郎 福島潤 大久?，娒?nbsp;田中理惠
梶裕貴 石川由依 井上麻里奈 三上枝織 下野纮 小林優(yōu) 谷山紀章 細谷佳正 樸璐美 神谷浩史 子安武人 花江夏樹 佐倉綾音 沼倉愛美 增田俊樹 村瀬步 松風雅也 小野賢章 榎木淳彌 渡邊明乃 齋賀光希 井上和彥 齊藤次郎 花輪英司