在太一一行人告別數(shù)碼世界后，數(shù)碼世界并沒(méi)有就此關(guān)閉朝向人類(lèi)的大門(mén)，而數(shù)碼世界的內(nèi)部卻沒(méi)有太平多少時(shí)日，就又開(kāi)始了紛爭(zhēng)。
　　數(shù)碼世界急需一批被選中的孩子來(lái)維護(hù)數(shù)碼世界和人類(lèi)世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生，沒(méi)有太多精力和時(shí)間能夠和數(shù)碼寶貝們一起并肩作戰(zhàn)，只有阿武和小光成為了新一代的領(lǐng)頭人。被選中的孩子有本宮大輔（木內(nèi)玲子 配音）、井之上京（夏樹(shù)莉緒 配音）、火田伊織（夏樹(shù)惠 配音）等人，和他們一同戰(zhàn)斗的除了亞古獸、加布獸等，還有新的數(shù)碼寶貝參與。于是，在第一代數(shù)碼人的帶領(lǐng)下，新的數(shù)碼寶貝和守護(hù)者們開(kāi)始了同邪惡勢(shì)力的作戰(zhàn)……