主角有馬拓也為一個無所事事的高中生，他父親是歷史學(xué)家，卻在研究時失蹤，留下他與繼母兩人相依為命。暑假時主角收到父親寄來的包裹，里面有一個羅盤和三顆水晶珠，以及一封寫著「時間是可逆的，歷史是不可逆的」云云以及一些關(guān)于平行世界概念的信，并交待主角晚上去當(dāng)?shù)赜忻牡貥?biāo)劍之岬去見一個人。
拓也晚上如約來到劍之岬，發(fā)現(xiàn)自己的繼母亞由美和父親研究夥伴龍藏寺幸三都在場。原本和藹的龍藏寺突然翻臉要有馬把收到的郵包交出來，并拔出槍來威脅他，千鈞一發(fā)之際，一道閃電落下劈在了神社的御神石上，拓也就此暈去。等拓也甦醒過來周圍已經(jīng)旁無一人，回家睡了一覺后才發(fā)現(xiàn)不對勁。繼母和龍藏寺完全不記得昨晚發(fā)生的事情，此時他才發(fā)現(xiàn)原來父親寄給他的遺物是可以讓人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他為了找到父親真正的下落展開了一系列調(diào)查。
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命運(yùn)石之門劇場版：負(fù)荷領(lǐng)域的既視感
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